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成海璃子のドラマ初主演作品。また、瑠璃の島主題歌『ここにしか咲かない花』は、コブクロがこのドラマのために書き下ろした作品である。2007年1月6日には、『瑠璃の島 SPECIAL 2007』（以降、『SPECIAL』）と題して特別番組が放送された。

原作は、森口豁のノンフィクション作品『子乞い―沖縄孤島の歳月』。沖縄県鳩海島（沖縄県鳩間島がモデル）を舞台に、フィクションを交えながら構成されている。瑠璃の島 DVD原作で男児だった主人公がドラマでは女児となっているなど、原作からの変更点が多い。

2007年7月13日から同年9月14日まで、瑠璃の島 DVD BOX毎週金曜日22:00 - 22:54 (JST) に日本テレビ系BSデジタル放送BS日テレでも本編が放送されている（初回・最終回は本放送と同様の時間延長がある）。また、日本テレビでも、2007年8月16日から同年9月19日まで、毎週火・水・木曜15:55 - 16:53「Dパラダイス」枠で再放送された。平日夕方帯の編成上の都合から、初回・最終回の本放送と同様の時間延長はなく、同枠が番宣などの枠に差し替えとなっているため、再放送が週3回に満たない週がほとんどであった。

親に捨てられて施設で育ち、ドラマ 瑠璃の島 DVD人間不信に陥っていた少女・藤沢瑠璃（成海璃子）が、過疎化により廃校の危機に見舞われている小学校を存続させるために里子を探していた仲間勇造（緒形拳）と出会い、社会から捨てられかけた沖縄県八重山の孤島へ渡る。島の住民との出会いを通し、成長していく少女の姿を描く。

前半では荒んでいた瑠璃が、勇造夫婦や担任のさなえに心を開いていき、中盤ではすっかり本来の心を取り戻した瑠璃が、島の人たちと向き合い、ドラマ 瑠璃の島 DVD BOX彼らを助けるようになる。後半は中学校再興といった本来のテーマを軸に、照明の死、川島の謎の解明といったサイドストーリーを絡ませていく。

『SPECIAL』では瑠璃の初恋に加え、「この島は今後どのような島であるべきなのか?」ということを島の人々に問いかけるストーリーとなっている。