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東都大学付属病院の脳外科医、南方仁（大沢たかお）。JIN-仁-彼には、自分の手術によって植物状態になってしまった婚約者・友永未来（中谷美紀）がいた。どうすることもできない現実に苛まれる日々－。ある日、当直だった仁は、救急で運ばれてきた身元不明の男を手術する。手術は無事に終わったのだが、あろうことかその患者が逃げ出してしまい、その患者を捕まえた仁はそのまま階段から落ちて気絶してしまう。ふと気がつくと、そこは林の中。歩き回っていると、ちょんまげ姿の武士が斬り合いをしている。JIN-仁- DVDその事態に巻き込まれ、自身も斬られそうになるが、橘恭太郎（小出恵介）らに助けられ何とかその場を逃れる仁。しかし、仁をかばった恭太郎が、頭に大きな傷を負ってしまう。仁は急遽、恭太郎の自宅で緊急手術を行うことを決意。手術道具もままならない状況だったが、もてる医術を駆使して瀕死の恭太郎を救い出した。そんな仁に、恭太郎の妹である橘咲（綾瀬はるか）は、次第に興味を持ち始める。あろうことか、江戸時代に「タイムスリップ」してしまったことを確信した仁。なぜ江戸時代に来てしまったのかわからないまま、どうにかして現代に戻ろうとする仁の前に、一人の男（内野聖陽）が現れた。JIN-仁- DVD BOXその男とは幕末の英雄と呼ばれた”あの”男だった－。
幕末の江戸へタイムスリップしてしまった仁（大沢たかお）は、謎の男の正体がかの英雄・坂本龍馬（内野聖陽）であることを知り、あ然とする。

そんな中、江戸の町では「コロリ」という名の死の伝染病が、ドラマ JIN-仁-　DVD再び猛威を振るおうとしていた。江戸が“死の都”になることを恐れた西洋医学所の頭取・緒方洪庵（武田鉄矢）は、佐分利祐輔（桐谷健太）の口から仁の体得している進んだ医療技術について聞きつけ、橘家を訪問。仁に、「コロリの治療法を指導してほしい」と頭を下げる。だが、「自分がこの時代で生きることは、ドラマ JIN-仁-　DVD BOX誰かの運命を変えてしまうことになるのかもしれない」と不安を抱きはじめていた仁は、「コロリという病気を知らない」と嘘をつく。